De hygiëne is in een terrarium uiteraard zeer belangrijk, een niet goed schoongehouden terrarium kan een broedplaats zijn voor verschillende bacteriën en virussen waardoor de dieren snel ziek kunnen worden.
De tijd die nodig is om de terrariums schoon te houden is natuurlijk afhankelijk van verschillende dingen zoals, het aantal dieren, het type terrarium en de inrichting van het terrarium.
Losse onderdelen zijn doordat ze makkelijk uit het terrarium te halen zijn makkelijker schoon te maken dan onderdelen die vast zitten, een afvoerpijp in het terrarium maakt het makkelijk te reinigen en uit te spoelen.
In droge terrariums drogen oud voer en mest snel uit, waarna je ze makkelijker kan verwijderen dan uit een vochtig terrarium waar vaak restjes op de grond achterblijven of zelfs helemaal niet gezien worden. In een vochtig terrarium is de kans op infecties dus ook groter.
Reptielen geven hun mest en urine gelijktijdig af, de witte, min of meer vloeibare urine bestaat hoofdzakelijk uit zouten van urinezuur. Woestijnbewoners hebben een vrijwel droge, korrelvormige urine. Mest en urineresten moeten regelmatig, in een vochtig terrarium vaak dagelijks, worden verwijderd zodat geen voedingsbodem voor schimmels en bacteriën ontstaat.
Schoonmaken:
Tijdens het schoonmaken van een terrarium mag je nooit chemicaliën gebruiken, je hebt voldoende aan een borstel om de inrichtingsstukken af te boenen, sponsdoekjes, een rol keukenpapier, een scheermesje om hardnekkig vastgekleeft vuil af te schrapen en een emmertje warm water. Om te desinfecteren gebruik je alcohol (70%) zonder toevoegingen. Zo'n desinfectiebeurt krijgt het terrarium ook maar 1-2 keer per jaar bij een grote schoonmaak aangezien dieren in een al te steriele omgeving geen natuurlijke afweer via het immuunsysteem opbouwen.
Veel dieren hebben plekjes waar ze zich het liefst ophouden, meestal onder de warmtelamp waar de hoge temperatuur hun spijsvertering versnelt, daar verzamelen zich dan ook weldra grote hoeveelheden mest. Als je daar stenen of wortels zo neerzet dat je ze makkelijk kan uitnemen, kun je ze eenvoudig, eventueel meermalen per week met een borstel schoon maken. Vooral meetinstrumenten (zoals een thermometer) moeten regelmatig van aanklevend vuil worden ontdaan. Grote kledders mest op planten moeten snel verwijderd worden, anders branden ze in de bladen in waardoor de planten lelijke bruine plekken krijgen, kleine veegjes komen meestal wel vanzelf los bij de dagelijkse sproeibeurt, en anders kan je de bladeren zo nu en dan even met een vochtige spons afnemen. In een dichtbeplant, dunbevolkt regenwoudterrarium kan de mest de planten tot voedsel dienen, nadat hij met het sproeiwater in de grond gespoeld is. Dieren die dagen of zelfs weken lang niet eten, zoals slangen en vogelspinnen, produceren natuurlijk ook niet dagelijks mest. Dat scheelt een hoop werk.